После исчезновения небесных тел выживают лишь те, кто находится на орбитальных станциях и кораблях. Спустя десятилетия разрухи на безжизненной луне обнаруживают необычное море из крови, и туда спешно отправляют экспедицию в поисках жизненно важных ресурсов. Для исследования глубин создают субмарину и запирают в ней осуждённого преступника, который получит шанс на свободу в случае успеха.
После битвы с доктором Эггманом, расколовшей Вселенную, Соник мчится по параллельным мирам, чтобы найти своих друзей и спасти мир.