Недалёкое будущее. Несколько лет назад человечество запустило программу поиска внеземной жизни «Проект «Лима»», во главе которой стоял капитан Клиффорд Макбрайд. Последний сигнал экспедиции был зафиксирован в районе Нептуна, и с тех пор о её судьбе ничего не было известно. Сам капитан Макбрайд стал героем и самым известным космонавтом, вдохновившим многих на исследование космоса.
Респектабельная жизнь профессора философии Эвана Берча начинает рушиться по мере того, как появляются подробности о его неподобающем поведении со студентками. Кроме того, мужчина становится центральным подозреваемым в деле об убийстве одной из слушательниц его курса.
Сэт работает в приюте для животных и ведёт довольно скучную жизнь. Однажды он сталкивается со своей школьной любовью Холли и становится буквально одержим девушкой. После пары неудачных попыток пригласить Холли на свидание Сэт решает проблему экстремально - забирается к ней домой, вкалывает транквилизатор, привозит девушку в собачий приют и запирает в клетке.
Вернувшись на Землю, команда корабля «Энтерпрайз» обнаруживает, что деятельность и принципы их организации подорваны изнутри. Флот скован необъяснимым ужасом и бездействует, пока мир все глубже погружается в бездну. Капитан Кирк берет на себя руководство операцией по поимке злодея, ответственного за этот хаос и способного уничтожить все человечество.