Четыре черепашки и крыса в канализационных трубах Нью-Йорка вляпались в радиационные отходы, мутировали и превратились в человеческого роста разумных черепашек, а крыса, которая раньше жила у японского мастера ниндзя-цу, обучила их боевым искусствам. Черепашки Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло подружились с тележурналисткой и помогли остановить рост молодежной преступности.
Их было по трое: трое братьев-подростков, пришедших в цирк посмотреть на клоунов; трое клоунов, выступающих в цирке; трое сумасшедших, сбежавших из психиатрической больницы. Происходят таинственные события, которые доводят героев фильма до состояния исступленного страха...