События происходят в вымышленной школе святой Лилианы, основанной в 1902 году в Мусасино. В этой школе существует «система сестёр» — старшие должны опекать младших, как своих сестёр. Совет школы здесь носит название Ямаюрикай, он состоит из трёх старших учениц, носящих имена-титулы Роз: Роза Хиненсис, Роза Фетида и Роза Гигантея. Младших Сестёр трёх Роз называют «бутонами».
История начинается в Токио у ученицы средней школы по имени Кагомэ Хигураси. Её семья уже несколько поколений владеет синтоистским храмом, в котором и живёт. Однажды по пути из школы Кагомэ заходит в небольшую постройку, в которой находится старый высохший колодец — её младший брат Сота сказал ей, что в колодец упал их домашний кот Буё, но сам Сота боится заходить в пристройку.