Джейсон Борн хотел лишь одного — исчезнуть и попытаться жить нормальной жизнью. Но высшие чины ЦРУ стремятся замести следы своих грязных дел, и охота за Борном продолжается. После побега из России, пытаясь выяснить детали своего прошлого, Джейсон выходит на след британского журналиста, получившего от источника в ЦРУ данные о тайном спецпроекте, который связан непосредственно с ним.
Из элитной школы похищают девочку Меган, дочь сенатора Роуза. Преступник оказывается оригиналом, каких мало: вместо того чтобы спокойно дождаться своего заслуженного выкупа, он начинает играть с полицией в опасную игру, основными участниками которой становятся доктор Алекс Кросс и Джез Флэниган, его новая напарница из секретной службы, охранявшей школу.