Невротичный и эгоцентричный музыкант Уильям полон решимости завершить свой шедевр в стиле прогрессивный рок, но ему мешает шумный и наглый сосед по имени Влад. Наконец набравшись смелости поговорить с Владом, Уильям случайно обезглавливает его. Попытка скрыть убийство приводит к жутким последствиям.
После столкновения с враждующими инопланетными расами пилот военно-воздушных сил Кэрол Дэнверс обретает суперсилу и становится неуязвимой. Ей предстоит совладать со своими новыми способностями, чтобы противостоять могущественному врагу.
При поддержке недобитков Клана Фут и профессора Стокмана Шреддер готовит план побега, который планирует осуществить во время транспортировки в другую тюрьму. Эйприл удается добыть информацию о побеге из файлов профессора, но подоспевшие на обновленном фургоне-мусоровозе черепашки-ниндзя не смогли остановить мутировавшего Шреддера, в последний момент улизнувшего у них из-под носа при помощи...
Город нуждается в героях. Тьма окутала Нью-Йорк в виде Шреддера и его зловещего Клана Футов, у которого имеется железный контроль над всеми, от полицейских до политиков. Будущее выглядит мрачным, пока из канализации не поднимается и не раскрывает своё предназначение четвёрка отверженных братьев — Черепашки-ниндзя.