В основу фильма положены реальные исторические факты. Согласно некоторым источникам и полумифологическим преданиям, отразившимся даже в знаменитой легенде о Гаммельнском крысолове, в середине двенадцатого века, во времена войны за Святую землю короля Ричарда Львиное сердце, организовывались так называемые «детские крестовые походы».
Известный археолог и специалист по оккультным наукам доктор Джонс получает опасное задание от правительства США. Он должен отправиться на поиски уникальной реликвии — священного Ковчега. Но Индиана и не подозревает, что аналогичный приказ уже получили тайные агенты Адольфа Гитлера.