После серии стихийных бедствий лидеры мировых держав объединили усилия, чтобы создать разветвленную сеть орбитальных спутников по контролю климата для предотвращения природных катаклизмов. Но что-то пошло не так — система, выстроенная для защиты Земли, теперь угрожает ей. Начинается гонка со временем, в которой надо успеть обнаружить реальную угрозу до того, как всемирный «Геошторм» сотрёт...
Зартан, выдающий себя за президента США, решает избавиться от отряда G. I. Joe. После миссии в Пакистане, пока парни ждут эвакуации, по ним наносится авиаудар, а «президент» обвиняет бойцов в краже ядерной боеголовки и государственной измене. После нападения в живых остаются лишь Роудблок, Флинт и Леди Джей, которые решают восстановить справедливость и отомстить за павших товарищей, вновь...
Морской пехотинец Логан Тибо сумел остаться в живых после трех военных миссий в Ираке. Своим талисманом он считает фото, которое всегда носит с собой – на нем совершенно незнакомая ему женщина. По возвращении в Северную Каролину Тибо решает разыскать ее.