После победы над Боузером и спасения Бруклина Марио сталкивается со злобным альянсом Варио и Боузера-младшего. Теперь вместе со своими друзьями и Йоши он должен помешать их планам по завоеванию мирового господства.
Плохие парни пытаются адаптироваться к новой жизни, когда их просят вернуться к криминальной жизни и выполнить последнее задание.