В 21 веке свирепый вирус уничтожил большую часть человечества, а оставшихся в живых заставил изолироваться в одном-единственном городе, защищённом специальным куполом. Именно там действует таинственный агент Эон Флакс, мотивы которой необъяснимы и чьей главной целью является видный политический деятель.
Галактическая Горнодобывающая Корпорация получает информацию о том, что их роботы похищаются с Луны-44, и отправляет на станцию детектива Стоуна для расследования. Стоун вынужден действовать под прикрытием в качестве одного из заключенных, которых отправляют на Луну 44, чтобы пилотировать специальные вертолеты.