Испания, море, яхта – отпуск с поднадоевшей молодому Уиллу Шоу компанией родственников... Никто не мог предположить, что уже через несколько часов палуба яхты обагрится кровью, а члены семьи Шоу станут заложниками в руках неизвестных. В поисках родных Уилл невольно узнает о государственном заговоре и раскрывает тайны своего отца.
Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против армии машин. Они вынуждены использовать не только арсенал превосходного оружия, но и свои выдающиеся навыки. Участие в миссии по спасению человеческой расы от истребления приносит им более глубокое понимание Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.