Прошло 13 лет после операции по зачистке фавел перед приездом Папы Римского. Полковник Насименту развёлся с женой и теперь возглавляет спецподразделение военной полиции BOPE (Батальон Специальных Полицейских Операций). Во время подавления мятежа в одной из тюрем капитан BOPE Андре Матиас, вопреки просьбам правозащитника Диогу Фраги, который пытался решить дело мирным путём, убивает вооружённых...
Город Бога — самая опасная фавела Рио-де-Жанейро, и именно здесь растут трое детей: Ракета, Малыш Фишка и Бенни. Поначалу они только наблюдают, как другие подростки грабят мотели и мелкие лавки, но круговорот насилия затягивает и их. Фишка — теперь Малыш Зе, главный наркоторговец и гроза всего района. Бенни — его лучший друг и правая рука, но его тяготит криминальный образ жизни.