Император Внеземелья Шао Кан прибывает на Землю, чтобы лично предупредить ее жителей о своих намерениях уничтожить мир земной и сделать все это за семь библейских дней. В числе его подручных — роботы, обладающие инстинктами и приемами ниндзя, четырехрукая дева Шива и звероподобный человек Мотарро. Но им противостоят герои Земли во главе с самим лордом Рейденом.
2127 год. Учёный доктор Пол Мерчант захватывает корпоративную космическую станцию, которую он спроектировал. Пол перенаправляет всё электроснабжение в свою каюту и с помощью робота проводит опыты на загадочной деревянной шкатулке, которая способна открыть проход в ад. Эксперимент оказывается успешным, и учёному удаётся открыть портал.
Эйприл где-то на распродаже купила Сплинтеру старинный японский скипетр, и ещё всяких других подарков для своих друзей черепашек. Как выяснилось, этот скипетр - не просто обычный антиквариат, а прообраз машины времени. Но он работает только в том случае, когда вес путешественников во времени одинаков с обеих сторон. Так случилось, что скипетр перенес Эйприл в феодальную Японию, в 1603-й год.
Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О'Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.