Считалось, что за пределами нашего мира есть существа, полностью отличные от тех растений и животных, что нам знакомы. Люди боялись этих странных созданий с древнейших времен. И с тех давних пор стали называть их муси. Также есть и люди, изучающие этих загадочных существ. Главный герой аниме - Мусиси (специалист по муси) Гинко.
Третий сезон продолжает основную сюжетную линию фильма. «Мифрил» делает своё обычное дело, противодействует террору и экстремизму, помогает гасить локальные конфликты. Похоже, Тидори Канаме уже ничего не угрожает, и командование чем дальше, тем больше задаётся вопросом: какой смысл держать возле девушки Сагару, который нужен для боевой работы и испытаний «Арбалеста»?
Действие происходит в 1864 году, за несколько лет до Реставрации Мэйдзи. После того, как их родители были убиты, два брата Тэцуносукэ и Тацуносукэ Итимура вступают в Синсэнгуми, самурайский полк, созданный для охраны порядка в Киото и поддержки Ёсинобу Токугава, последнего сёгуна в истории Японии. В отличие от старшего брата, Тэцу Итимура продолжает думать о мести и мечтает стать сильным.