Зартан, выдающий себя за президента США, решает избавиться от отряда G. I. Joe. После миссии в Пакистане, пока парни ждут эвакуации, по ним наносится авиаудар, а «президент» обвиняет бойцов в краже ядерной боеголовки и государственной измене. После нападения в живых остаются лишь Роудблок, Флинт и Леди Джей, которые решают восстановить справедливость и отомстить за павших товарищей, вновь...
В течение многих столетий две расы роботов-инопланетян — Автоботы и Десептиконы — вели войну, ставкой в которой была судьба Вселенной. И вот война докатилась до Земли. В то время, когда силы зла ищут ключ к верховной власти, наш последний шанс на спасение находится в руках юного землянина. Единственное, что стоит между несущими зло Десептиконами и высшей властью - это ключ, находящийся в руках...