2029 год. Благодаря значительным достижениям в кибернетике люди могут заменять свои конечности роботизированными частями. Майор Мотоко Кусанаги из 9-го отдела службы безопасности ведёт расследование, связанное с таинственным хакером, который называет себя Кукловод.
В провинции Ямасиро неожиданно начинается эпидемия чумы. Все жители бегут оттуда, а глава одного из соседних самурайских кланов, клана Мотидзукэ, отправляет на разведку в эти места подчиняющиеся ему остатки клана ниндзя Кога. Однако какие-то странные существа, наделенные невероятной силой, мгновенно расправляются с незваными гостями, и спастись удается только девушке-ниндзя Кагэро, потому что...
Недавно отец взял 16-летнего Ранма Саотомэ с собой в тренировочное путешествие в Китай, чтобы сделать из него настоящего мужчину — достойного наследника Школы универсальных боевых искусств. Там они попадают в Долину проклятых источников, где Ранма случайно падает в источник утонувшей девушки, а Гэнма — в источник утонувшей панды.