Скоростной поезд на пути в Токио грозит взорваться, если его скорость опустится ниже 100 км/ч. Правительство и сотрудники железнодорожной компании вступают в гонку со временем, пытаясь спасти пассажиров.
На этот раз Кэнсин вступает в противостояние с самим Макото Сисио - злодеем, вознамерившимся свергнуть правительство Мэйдзи и подчинить себе всю Японию. Судьба страны висит на волоске, и скиталец-самурай Химура вновь берет в руки меч, к которому он поклялся никогда не прикасаться.
В Киото появляется жестокий и расчетливый убийца Макато Сисио, который пытается свергнуть действующую власть и прибрать её в свои руки. Кроме Кэнсина некому защитить правительство Японии, которое сейчас так сильно нуждается в помощи. Химура — единственный, кто может противостоять Макато. Тем более, что ему всегда готовы помочь верные друзья.
В безжалостной борьбе за власть несколько кланов якудза оспаривают расположение крёстного отца. Главари поднимаются по иерархической лестнице в организации, не пренебрегая заговорами и лживыми клятвами верности. Опытный якудза Отомо наблюдает за развитием карьеры своих товарищей: оставив позади замысловатые татуировки и отрубленные пальцы, они штурмуют мир финансов.
Ами - дерзкая, но во всём остальном обычная школьница, которая пытается вести нормальную жизнь. Но её мир рушится, когда она узнает, что брат с другом были убиты беспощадными хулиганами. Ами находит их главаря и с удивлением узнаёт, что они связаны со зловещей семьёй ниндзя якудзы. Ами теряет руку и, заменяя её различными инструментами смерти, планирует месть.