Американское правительство долго скрывало тайну первой высадки человека на Луну. Оказывается, 20 июля 1969 года совершив посадку на Луне, американские астронавты обнаружили разбившийся корабль автоботов и останки роботов. Программу засекретили, но спустя сорок лет она вновь всплыла, как камень преткновения в отношениях людей и автоботов.
После поражения их старейшего врага Шредера, семья черепашек распалась. Кроме борьбы за единство семьи их сенсей Сплинтер обеспокоен еще и тем, что в Нью-Йорке происходит что-то странное. Техноиндустриалист Максимилиан Уинтерс готовит армию древних монстров, остановить которую сможет только суперкоманда бойцов ниндзя — Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль.
Львенка Райана разлучили с его отцом и из нью-йоркского зоопарка отправили на корабле в Африку. Его друзья по зверинцу — коала, крокодил, хамелеон, жираф и белка — решают помочь царю зверей найти сына и, сбежав из зоопарка, отправляются на поиски Райана...
В основе фильма лежит старая басня про цыпленка, который вопил о том, что небеса падают на землю каждый раз, когда ему на голову падал желудь. Вот уже год, как Цыплёнок пытается преодолеть позор своей ошибки (про падающие небеса) и жить как ни в чём не бывало. Но – увы! - желающих дружить с неудачником немного, и поэтому в товарищах у него ходят такие же изгои, как и он сам.
Игрушки Энди начинают жить своей жизнью, как только он выходит из комнаты. В день рождения мальчика царит паника — все боятся появления новой игрушки, которая перетянет внимание на себя. И только любимчик Энди, ковбой Вуди, ни о чем не переживает. Но когда мальчик получает в подарок астронавта Базза Лайтера, Вуди очень быстро оказывается забыт.