Поражение Хана и создание планеты Генезис стали очередным триумфом капитана Джеймса Т. Керка; но для него эти победы больше не имеют значения. Керк потерял одного из своих лучших друзей, Спока, который погиб, спасая "Энтерпрайз", и эта потеря невосполнима. Одновременно с этим Керк близок к тому, чтобы потерять еще одного своего лучшего друга, Мак-Коя, который потерял рассудок.
Будущее. У бывшего военного лётчика Теда Страйкера и его возлюбленной, стюардессы Илейн, снова разлад в отношениях. Пытаясь вернуть любимую, Тед поднимается на борт нового космического шаттла, следующего на Луну, ведь именно на нём летит Илейн. Вскоре выясняется, что у корабля имеются серьёзные неполадки, а руководитель полёта, чтобы побыстрее произвести первый запуск судна и заработать больше...
Из глубин космоса, через Клингонский сектор к Земле приближается неопознанный объект просто гигантских размеров с неясными, но, возможно, враждебными намерениями, и Энтерпрайз оказывается единственным кораблем, способным успеть вовремя добраться до этого объекта для его исследования и ликвидации потенциальной опасности для Земли.