Лев Алекс, зебра Марти, гиппопотамиха Глория и жираф Мелман, а также король Джулиан, Морис, Морт и Пингвины все еще пытаются вернуться в Нью-Йорк. На этот раз их путь пройдет через Европу, где они откроют свой цирк.
Полная опасностей жизнь на Мадагаскаре не оправдала ожиданий привыкших к комфорту Нью-Йоркского зоопарка животных - льва Алекса, зебры Марти, жирафа Мелмана и бегемотихи Глории - и друзья решают сбежать с острова. По случайности, всю компанию заносит в Африку, где Алекс встречает свою семью, с которой он был разлучен в детстве.
Четверо изнеженных животных из Центрального зоопарка в Нью-Йорке - лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и гиппопотамиха Глория - решаются на побег. Оказавшись после кораблекрушения на экзотическом острове Мадагаскар, населенном лемурами и поедающими их фоссами, путешественники с ужасом понимают, что с городскими привычками им придется распрощаться.
Большой муравейник поделен на две части: там живут муравьи-рабочие и муравьи-солдаты. Рабочие трудятся с утра до ночи, а солдаты воюют с термитами под командованием властного и завистливого генерала Мэндибала. Так было всегда. И никому, кроме муравья Антца, работающего на строительстве туннеля, не приходит в голову, что все может быть по-другому.