Хелен Уэбб — жена, мать и профессиональная шпионка, которая на протяжении 10 лет передает тайны своего мужа-политика секретной организации «Чёрные голуби». Когда её любовника Джейсона убивают, Хелен тоже оказывается под прицелом. Для защиты своего агента глава «Чёрных голубей» отправляет на помощь Хелен её старого друга Сэма.
В некоем городе власть захватила коррумпированная династия Ван Дер Кой и каждый год устраивает показательную казнь врагов режима. Именно так мальчик лишается семьи, слуха и возможности говорить и оказывается в джунглях, где отшельник по имени Шаман начинает обучать его боевым искусствам. Теперь парень живёт ради одной цели — убить Хильду Ван Дер Кой.
Наёмник под кодовым именем Божья Коровка отправляется на новую миссию: вместо заболевшего коллеги он должен сесть в скоростной поезд Токио — Киото, выкрасть чемоданчик и сойти на промежуточной станции. Но выполнение простого задания сильно осложняется, когда выясняется, что состав просто кишит всевозможными киллерами.
Загадочный и суровый одиночка Снейк Айз спасает наследника древнего японского клана Арасикагэ, и в знак признательности клан открывает ему тайные знания пути ниндзя. Но главное: Снейк Айз обретает то, к чему так долго стремился, — дом. Однако, когда становятся известны секреты его прошлого, на кону оказываются его честь, преданность и доверие самых близких людей.
Конец XIX века. Молодой китайский эмигрант, неплохо владеющий боевыми искусствами, приезжает в Сан-Франциско и сразу же оказывается в эпицентре бандитских войн в местном Чайнатауне.