Когда Кото захватывает королевство и превращает подданных в рабов, король Джулиан и его советник Морис оказываются за решёткой, вынужденные ожидать смертной казни. Однако королю и советнику удаётся сбежать. Они отправляются в путешествие, полной приключений и опасностей, чтобы найти союзников, которые могут помочь Джулиану вернуть трон и освободить свой народ.
Четвёрка пингвинов-шпионов - Шкипер, Ковальски, Рико и Прапор - объединяется с командой «Северный ветер», помогающей беззащитным животным. Им предстоит остановить злобного осьминога, доктора Октавиуса Брайна, желающего уничтожить этот мир...
Мультсериал рассказывает об инфантильном и эгоцентричном короле лемуров Джулиане и его жизни до встречи с героями мультфильма «Мадагаскар». Его девиз: «Лови момент!» Как полноправный правитель своего королевства, он постоянно закатывает грандиозные вечеринки и строго следит за тем, чтобы каждый день его подданные проживали как последний.
Уолтер Митти — сотрудник отдела иллюстраций журнала Life. Его работа — сплошная рутина, хотя в своих мечтах он уносится очень далеко. В присланных фотографом Шоном О’Коннелом негативах для обложки журнала не хватает одного кадра. Единственный шанс получить фотографию — найти самого Шона. И Уолтер отправляется в долгое путешествие.
Лев Алекс, зебра Марти, гиппопотамиха Глория и жираф Мелман, а также король Джулиан, Морис, Морт и Пингвины все еще пытаются вернуться в Нью-Йорк. На этот раз их путь пройдет через Европу, где они откроют свой цирк.
История, рассказанная в этом мультфильме, произошла с любимыми героями между второй и третьей частями, как раз накануне Дня Святого Валентина. Алекс очень любит этот праздник и всегда тщательно к нему готовится, ведь он уверен, что только любовь может спасти весь мир. Раньше он получал тонны открыток на этот праздник от поклонниц, но в Африке не принято праздновать его, и он собирается вместе...
Санта-Клаус по вине мадагаскарской компании терпит аварию, падает в Мадагаскаре и теряет память, в результате праздник оказывается под угрозой. Алекс, Марти, Мелман и Глория берут на себя доставку подарков.
Несколько подростков приезжают на каникулы в загородный дом и, к своему ужасу и удивлению, обнаруживают на верхнем этаже группу инопланетян. Ребята, защищая свой дом, вступают с ними в бой.
Полная опасностей жизнь на Мадагаскаре не оправдала ожиданий привыкших к комфорту Нью-Йоркского зоопарка животных - льва Алекса, зебры Марти, жирафа Мелмана и бегемотихи Глории - и друзья решают сбежать с острова. По случайности, всю компанию заносит в Африку, где Алекс встречает свою семью, с которой он был разлучен в детстве.
Самопровозглашенные коммандос - Ковальски, Шкипер, Рико и Рядовой - выполняют ежедневные сверхсекретные операции на территории нью-йоркского зоопарка, иногда пробираясь в метро и подземные коммуникации.