События происходят в вымышленной школе святой Лилианы, основанной в 1902 году в Мусасино. В этой школе существует «система сестёр» — старшие должны опекать младших, как своих сестёр. Совет школы здесь носит название Ямаюрикай, он состоит из трёх старших учениц, носящих имена-титулы Роз: Роза Хиненсис, Роза Фетида и Роза Гигантея. Младших Сестёр трёх Роз называют «бутонами».
В провинции Ямасиро неожиданно начинается эпидемия чумы. Все жители бегут оттуда, а глава одного из соседних самурайских кланов, клана Мотидзукэ, отправляет на разведку в эти места подчиняющиеся ему остатки клана ниндзя Кога. Однако какие-то странные существа, наделенные невероятной силой, мгновенно расправляются с незваными гостями, и спастись удается только девушке-ниндзя Кагэро, потому что...