Начало XV века, Польша. Юный и одарённый Рафаль хочет учиться теологии, но однажды он сталкивается с Хубертом и революционной теорией о вращении Земли вокруг Солнца, что противоречит учению церкви. Вместе они изучают астрономию и проводят исследования, рискуя жизнью. Их деятельность привлекает внимание инквизитора Новака.
В поисках сюжетов для новых произведений мангака Рохан Кисибэ сталкивается со всевозможными странными вещами: загадочной деревней, все жители которой стали миллионерами; призрачной девушкой; одержимо доводящим своё тело до совершенства молодым человеком и незнакомцем, решившем исповедаться в грехах.
Действие разворачивается на далекой планете Гифт, чьи недра полны кристаллов, названных Гифтиум. Молодой человек по имени Сого живет в шахтерском городке Сад Индиго. У паренька есть хобби — он любит собирать редкие кристаллы. Однажды мальчишка оказывается втянут в заварушку вместе со своими одноклассниками.
Семнадцатилетний парень Рюдзи, которого все боятся из-за страшного взгляда, влюбляется в одноклассницу Минори, а его соседка Тайга влюбляется в Китамару. Они решают объединить свои усилия, но может быть они просто не в тех влюбились?