Возможно, Аркадия выглядит как обычный город, но она находится на пересечении волшебных и мистических линий, поэтому оказывается в гуще событий, когда между неземными существами — троллями, инопланетянами и магами — возникают раздоры. Герои объединяются, чтобы победить Тайный орден в эпической битве и обрести власть над магией, которая всех связывает.
Зартан, выдающий себя за президента США, решает избавиться от отряда G. I. Joe. После миссии в Пакистане, пока парни ждут эвакуации, по ним наносится авиаудар, а «президент» обвиняет бойцов в краже ядерной боеголовки и государственной измене. После нападения в живых остаются лишь Роудблок, Флинт и Леди Джей, которые решают восстановить справедливость и отомстить за павших товарищей, вновь...