Когда Лекскорп случайно освобождает из заточения межгалактического серийного убийцу, Супермэн жертвует собой, чтобы его остановить. Весь мир скорбит о павшем герое, человечество понимает, что уже никогда не будет в безопасности. Враги Супермэна ликуют, все кроме Лекса Лютора, который по-своему сожалеет о потере, чем вызывает цепочку событий, которых даже он не смог предвидеть.
Действия мультфильма происходят в 1954 году. Отважные супергерои должны защитить планету не только от людского зла, но и Вселенского. На Землю надвигаются тысячи злых пришельцев. Супермен, Флэш, Зелёный Фонарь, Чудо-Женщина, Бэтмен и многие другие герои отдают свои жизни за родную планету.
В конце Второй Мировой войны молодой военный по имени Стив Роджерс стал частью эксперимента, благодаря которому США надеялись подавить последние очаги сопротивления нацистов на втором фронте. Результатом эксперимента стал сверхчеловек, «Капитан Америка», оставшийся Стивом Роджерсом лишь в повседневной жизни.
Майло и Кида воссоединяются со своими друзьями, чтобы расследовать странные происшествия по всему миру, которые, похоже, связаны с тайнами Атлантиды.