Четверо братьев-черепах, всю жизнь скрывавшихся от мира людей в канализациях Нью-Йорка и обучавшихся ниндзюцу, отправляются на поверхность и пытаются жить как нормальные подростки. С помощью своей новой подруги Эйприл О’Нил они выходят на след печально известного преступного синдиката и армии мутантов.
Харли Квинн рассталась с Джокером и через некоторое время сообщила об этом всему Готэму, взорвав тот самый химзавод. Девушка больше не тоскует по несостоявшимся отношениям — ей некогда, так как она также потеряла неприкосновенность, и теперь за ней охотятся разной степени криминализованности граждане, желающие отомстить.
Джош Футтурман застрял на бесперспективной работе в должности уборщика, но большую часть своего времени он посвящает игре Biotic Wars, в которой ещё никто не побеждал. Когда Джош проходит игру до конца, ему наносят визит персонажи Biotic Wars, утверждающие, что они из будущего, в котором мир находится в опасности, и только Джош может его спасти.