Полная опасностей жизнь на Мадагаскаре не оправдала ожиданий привыкших к комфорту Нью-Йоркского зоопарка животных - льва Алекса, зебры Марти, жирафа Мелмана и бегемотихи Глории - и друзья решают сбежать с острова. По случайности, всю компанию заносит в Африку, где Алекс встречает свою семью, с которой он был разлучен в детстве.
Самопровозглашенные коммандос - Ковальски, Шкипер, Рико и Рядовой - выполняют ежедневные сверхсекретные операции на территории нью-йоркского зоопарка, иногда пробираясь в метро и подземные коммуникации.
В центре фильма четыре не слишком молодые сироты: один воспитан куратором Лувра (где скрывается убийца-альбинос), другой сбежал из мексиканской борьбы «libre», третий недавно стал жертвой змей на борту, а четвертый...