Соник, Наклз и Тейлз воссоединяются против нового могущественного противника, Ежа Шэдоу, таинственного злодея с силами, не похожими ни на что, с чем они сталкивались раньше. С их способностями, превосходящими во многих отношениях, команда Соника вынуждена создать неожиданный союз в надежде остановить Шэдоу и защитить планету.
В далёких джунглях Камбоджи ЦРУ проводит несанкционированные испытания боевых роботов с искусственным интеллектом, созданных частной компанией. Расстреливая банду вооружённых наркоторговцев, андроиды уничтожают и жителей лесной деревни, невольными свидетелями чего становится живущий там же бывший морпех и группа американских студентов-медиков, участвующих в волонтёрской программе.